Артефактите на първичния димер обикновено се появяват при голямо прагово число на цикъла (обикновено > 35 цикъла), което е по-високо от праговия номер на цикъла за желания ампликон. Праймерите се увеличават значително, когато се добави хетероложна геномна ДНК.
Къде бихте видели праймерни димери върху ДНК гел?
При неколичествена крайна точка PCR димерът на праймера ще се появи като повече или по-малко бледа петна върху агарозен гел, под продуктовата група, представляваща интерес.
Как се образуват праймерите?
Праймерните димери образуват когато два праймера се свързват един с друг, вместо с шаблонната ДНК, поради региони на комплементарност на праймера.
Как откривате праймерни димери?
Най-лесният начин да проверите за праймер-димери е за да сравните реакциите си с вашата отрицателна контрола (вода вместо ДНК или РНК). Праймерните димери все още ще се образуват в отрицателната контрола. Някои комплекти праймери са по-склонни да образуват димери от други.
Защо се появяват димерите на праймера?
Наблюдават се предимно праймерни димери поради висока концентрация на праймера в PCR реакционната смес. Или ако няма PCR амплификация и можете да видите на праймера димер в агарозния гел. Ако можете да видите PCR продукта, тогава можете да намалите концентрацията на прайма и да запазите другите условия същите.
