Хомологичните модели също могат да се използват за идентифициране на фини разлики между свързани протеини, които не всички са решени структурно . Например, методът е използван за идентифициране на катион-свързващи места в Na+/K+ ATPase и за предлагане на хипотези за афинитета на свързване на различни АТФази.
За какво се използват хомологични модели?
Хомологичното моделиране е един от изчислителните методи за прогнозиране на структурата, които се използват за определяне на протеинова 3D структура от неговата аминокиселинна последователност. Смята се, че е най-точният от методите за прогнозиране на изчислителната структура. Състои се от множество стъпки, които са ясни и лесни за прилагане.
Какво е хомологично моделиране и защо е необходимо?
Хомологичното моделиране получава триизмерната структура на целевия протеин въз основа на сходството между шаблон и целеви последователности и тази техника се оказва ефективна, когато става въпрос за изследване на мембранни протеини, които са трудни за кристализиране като GPCR, тъй като осигурява по-висока степен на разбиране на …
Как се прави хомологичен модел?
има няколко стъпки, включени в моделирането на хомология
- избор на шаблон, използвайки вашата целева последователност. За тази цел можете да направите BLASTp търсене срещу всички налични протеинови структури (PDB). …
- Подравняване на шаблона и целевата последователност. …
- Качество на вашия модел. …
- Усъвършенстванеот вашия модел съответно.
Какво прави добро моделиране на хомология?
Ако дефинираме "много успешен хомологичен модел" като такъв с <=2 Å rmsd от емпиричната структура, тогава шаблонът трябва да има >=60% идентичност на последователността с целта за успех ставка >70%. Дори при висока идентичност на последователността (60%-95%), до един на всеки десет хомологични модела има rmsd >5 Å спрямо
