Методи, базирани на улавяне на хромозомна конформация (3C) разкриват хромозомната организация в ядрото чрез определяне на физическата близост на двойки точки по протежение на хроматина. Те запазват взаимодействията на хроматина чрез кръстосано свързване, последвано от фрагментиране, лигиране и секвениране на взаимодействащи региони.
Как работи улавянето на хромозомната конформация?
Улавяне на конформация на хромозома върху чип (4C) улавя взаимодействия между един локус и всички други геномни локуси. Той включва втора стъпка на лигиране, за да се създадат самоциркуларизирани ДНК фрагменти, които се използват за извършване на обратна PCR. … На един микрочип могат да бъдат анализирани приблизително милион взаимодействия.
Какво е улавяне на хроматинова конформация?
Chromatin Conformation Capture (3C) е важна техника, използвана за изследване на структурата на хроматина, както и основа за няколко други производни техники. … Протоколът включва формалдехидно омрежване на клетки, последвано от изолиране на хроматин и смилане с рестрикционен ензим.
Как работи Hi-C секвенцията?
Подходът Hi-C разширява 3C-Seq, за да картографира контактите на хроматина в целия геном и също така се прилага за изучаване на взаимодействията на хроматина in situ. При този метод ДНК-протеиновите комплекси са омрежени с формалдехид. Пробата се фрагментира и ДНК се екстрахира, лигира и усвоява с рестрикционни ензими.
Какво е Hi-C техника?
Класическата Hi-C техника включва рестриктивно смилане на формалдехиден омрежен геном със специфични за последователността рестрикционни ензими, последвано от попълване и възстановяване на смляните краища с включване на биотин-свързани нуклеотиди. След това ремонтираните краища се лигират отново.
